生物多样性博物馆是依托学校生命科学学院60余年办学历程中所积累的大量动物、植物标本基础上建成的，是国内高校馆藏动、植物标本最多的博物馆之一，是极具地方特色的全国科普教育基地。2021年获批全国科普教育基地和自治区生态环境科普基地。本馆集教学、科研、科普教育和同行交流为一体，是公众了解生物多样性的重要窗口。博物馆展示面积2500平方米，分为兽类、鸟类、两栖爬行类、鱼类、贝类、昆虫及植物共七个展区，拥有语音自主解说、生物互动演示系统等互动平台。馆藏动物、植物标本约1万余种、50余万号（份），其中国家重点保护野生动物、植物标本有300余种。馆藏广西淡水鱼类标本280种，占广西淡水鱼类90%，其中洞穴鱼类60种，占全国洞穴鱼类60%。馆藏各类昆虫标本40余万号，其中蚂蚁和蚱类标本占全国种类的80%，新发现蚂蚁和蚱类模式标本有350余种，是国际蚁科和蚱科昆虫系统学研究的重要基地。植物展区有蜡叶、浸泡和原色树脂包埋三类标本，共95科，400余种，其中珍稀濒危植物有100余种。